一是工资水平普遍太低，欠薪现象依然存在。据湖南、四川、河南3省抽样调查，农民工的每月实际劳动时间超过城镇职工50%，可是他们的每月平均工资却不到城镇职工的60%。也就是说，农民工的每小时工资实际上只相当于城镇职工的40%。更不用说，他们的劳动环境更恶劣、工作量更大。
二是社会保障待遇普遍缺失，工伤保险参保率低，医疗、养老保险空缺。
三是基本享受不到城市政府提供的公共服务。其中最突出的问题有两个：一是农民工子女上学难，一些城市至今还没有把农民工子女纳入当地义务教育体系；另一个是农民工居住生活条件恶劣，同时，也享受不到计划生育待遇。
四是维护农民工权益方面的法制建设不健全，农民工很难正常行使民主权利，人身权利频受侵害。
五是身份转换困难。农民工的就业稳定性差、流动性强，绝大多数企业无法把他们当作稳定的产业工人来对待，从而无法实现在城镇安居乐业。
当然，除此以外，城乡分割的二元结构、现行相关法制不健全、政府管理不到位、农民工自身素质和组织化程度低等因素，也是造成农民工问题的深层次原因。
另一种生活在“城中村”的农民工
“二等公民”不仅包括从农村进城务工的农民工，还包括从城市“城中村”进“城”务工的“村民”。这些“城中村”，座落在城市和村落之间，具有城乡二元混合体的典型特征。虽然“城中村”生活方式已经完全城市化，“村民”们也都住在市区甚至市中心，已经完全不再从事或基本上不再从事农业范围内的职业，已经全部或绝大部分转为城市户口，可是由于他们所居住的地方不叫“新村”而只是“村”，他们就只能被称为“村民”而不是“市民”。就像城市企业员工中，只是仅仅因为他们的户口在农村，就被称为农民工一样。