毒药似乎也早早应用于战争之中了。时值公元前667年，当时齐军占领遂地，“遂人共以药投其饮水中，多杀之”，这是我国最早的在战争中使用毒药的记载。《左传·襄公十四年》还载有：“夏，诸侯之大夫从晋侯伐秦……济泾而次。秦人毒泾上流，（晋）师人多死。”
根据上面的记载，毒药似乎在春秋时期已经被应用于战争之中，但我们无法考证他们到底用了什么毒。在两晋南北朝时，这种记载也变得频繁起来。北魏时，库莫奚侵扰，济阴王拓跋小新成“乃多为毒酒，贼既渐逼，便弃营而去。贼至，喜而竞饮，聊无所备。遂简轻骑，因醉纵击，俘馘甚多”。长孙晟在出征突厥达头部族时也曾使用毒药：“毒水上流，达头人畜饮之多死。”南朝也有类似的事例。南朝宋人在宋魏大战期间欲毒魏军，“募人赍冶葛酒置空村中，欲以毒虏，竟不能伤”。侯景之乱时，侯景为谋取建康城，“置毒于水窦，于是稍行肿满之疾，城中疫死者太半”。
这些记载都是战争中大规模投毒的案例，一般均是在上游地区投入毒药。大致来说，古代的毒药可以分成三种：动物性毒药、植物性毒药以及矿物性毒药。但由于记载不详，他们具体使用何种毒药我们依然不得而知。曾一度被传为最毒的鸩酒以及鹤顶红，似乎并不是动物性毒药。传闻中，“鸩鸟，黑身赤目，食蝮蛇野葛，以其羽画酒中，饮之立死”，然而鸩鸟在生物学上却并不存在。见血封喉的鹤顶红，也疑似为红信石（三氧化二砷，即砒霜）粉末。而动物性毒药用得较多的还是蛇毒与蝎毒，但由于毒液获取困难，一般来说很少用于战争之中。