王敦做出这样背叛朝廷的事来，这对王导和整个王氏一族来说如同晴天霹雳。为免全族受诛，王导就率领几十名王氏子弟，日夜伫立在宫门前谢罪。元帝最终被王导的至诚之心感动，虽然刘隗等人再三奏请，要求斩王氏满门，以绝后患，元帝最终还是以王导及王氏一族能够“大义灭亲”为名，免其罪责。
且说王敦举兵后，将军队开往长江下游，攻击元帝率兵驻守的建康的西方要塞——石头城。王敦虽为将多年，但却越来越拥兵自重，不把朝廷看在眼里，他放任军队恣意掠夺，使得城内的官员和百姓四散奔逃。元帝见叛军四面拥入，便对王敦说：“王将军曾为国家栋梁，如今还望以百姓为重，勿使黎民受苦。”说完，当场封王敦为丞相，进爵武昌郡公，令他退守武昌。
同年，元帝忧愤成疾，最终病故，由太子司马绍继位，即明帝。王敦得知新主即位，又再度威胁朝廷，图谋篡位。明帝畏惧王敦，于是便封王敦为司徒，王敦又自封为扬州牧。明帝想以王羲之的岳父郗鉴作为外援，牵制王敦。