1871年5月到6月，直隶下了一场特大的暴雨，从而导致永定河上游发生了八处漫口，甚至连卢沟桥下的石堤也被洪水冲毁。等到夏季到来时，整个直隶地区并没有什么收成，李鸿章不得不奏请清廷以漕粮赈灾。在洪涝灾害面前，李鸿章累得筋疲力尽，他的身体需要吃药才能维持，因此，他也开始注重保养自己的身体了。9月21日，他还给自己的老师曾国藩写信表达了自己的想法——李鸿章对民生疾苦深表同情，也很想实现“实惠及民”。对于当时的朝廷命官来说，能有这种意识是难能可贵的。
工部尚书毛昶熙在10月份奏请朝廷撤销三口通商大臣而由直隶总督全权负责。清政府思考一段时间之后，于10月20日同意了毛昶熙的主张，将三口通商大臣一职撤销，并任命李鸿章兼任北洋大臣，负责一切北洋洋务和海防事宜。李鸿章还被清廷任命为钦差大臣，负责统辖东海关、牛庄关等地。李鸿章一人身兼数职，负责的事务既多且杂，但是李鸿章是一个踏踏实实为清政府做事的人，所以，对清政府的安排，他感到很满意。因此，李鸿章在筹划洋务和海防的事情上又花费了很多的心思。为了更好地完成清廷交给他的任务，李鸿章建议清政府添设专管中外交涉事件的津海关道，并且自己兼任直隶总督的海防行营翼长。