而永历帝因可望跋扈，密召李定国，可望攻定国，大败，复降清。洪承畴因之请大举。1658年，清兵分三道入滇。定国扼北盘江力战，不能敌，乃奉永历帝走腾越，而伏精兵，大败清之追兵于高黎贡山。清兵乃还。定国旋奉永历帝入缅甸。1661年，吴三桂发大兵10万出边。缅甸人乃奉永历帝入三桂军。明年，被弑。明亡。
当永历帝入缅时，刘文秀已前卒。定国和其党白文选崎岖缅甸，欲图恢复，卒皆赍志以终。定国等虽初为寇盗，而其晚节能效忠于国家、民族如此，真可使洪承畴、吴三桂等一班人愧死了。
汉族在大陆上虽已无根据地，然天南片土，还有保存着上国的衣冠的，是为郑成功。郑成功为郑芝龙的儿子。芝龙本系海盗，受明招安的。清兵入闽时，芝龙阴行通款，以致隆武帝败亡。成功却不肯叛国，退据厦门，练兵造船为兴复之计。鲁王被清兵所袭，失去舟山，也是到厦门去依靠他的。
清兵入滇时。成功曾大举入江，直迫江宁。后从荷兰人之手，夺取台湾，务农，训兵，定法律，设学校，俨然独立国的规模。清朝平定西南，本来全靠降将之力，所以事定之后，清朝并不能直接统治。乃封尚可喜于广东，耿仲明之子继茂于福建，吴三桂于云南，是为三藩。三藩中，吴三桂功最高，兵亦最强。