明朝灭亡的前一年，崇祯十六年（1643年），蔓延整个华北的鼠疫又传入北京，“京师大疫，死亡日以万计”。由于瘟疫死亡人数实在太多，当时北京城内甚至出现了有的人家全部死光，甚至连收尸人都没有的惨况。
当时，北京城内的人口约为100万，在这场明朝灭亡前一年的大瘟疫中，北京城内预估死亡人数高达20多万人，而剩余的人也大多奄奄一息。“崇祯十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
到了1644年开春，瘟疫又在北京复发。此时，李自成的军队从陕西顺利推进到北京附近。北京城内因为鼠疫，人口死亡率达到了40%左右。由于死人太多，北京城中许多街巷都已冷清得无人行走，而负责保卫北京的明军京城三大营，当时名义上有10万人，但除了缺额外，剩下的几万人也大多患病，“鞭一人起，一人复卧如故”，身体已经虚弱得无法守城。加上欠饷太久，剩余的士兵们也已全无斗志。
因此，当李自成的军队于1644年农历三月兵临城下时，已经被瘟疫折磨得半死不活的北京城立刻土崩瓦解。随后，崇祯皇帝在无人来朝的孤独中，在紫禁城后的景山凄凉上吊自杀，明朝宣告灭亡。
但入驻北京城的大顺军也很快大面积感染瘟疫，因此在北上山海关与吴三桂的军队决战时，大顺军10万军队就有4万人不能随行。在山海关惨败后，李自成又率领大顺军残部退出北京，并将鼠疫带到了明朝其他地境继续广泛传播。