明朝灭亡的前一年,崇祯十六年(1643年),蔓延整个华北的鼠疫又传入北京,“京师大疫,死亡日以万计”。由于瘟疫死亡人数实在太多,当时北京城内甚至出现了有的人家全部死光,甚至连收尸人都没有的惨况。
当时,北京城内的人口约为100万,在这场明朝灭亡前一年的大瘟疫中,北京城内预估死亡人数高达20多万人,而剩余的人也大多奄奄一息。“崇祯十六年大疫,病者吐血如西瓜水立死。”
到了1644年开春,瘟疫又在北京复发。此时,李自成的军队从陕西顺利推进到北京附近。北京城内因为鼠疫,人口死亡率达到了40%左右。由于死人太多,北京城中许多街巷都已冷清得无人行走,而负责保卫北京的明军京城三大营,当时名义上有10万人,但除了缺额外,剩下的几万人也大多患病,“鞭一人起,一人复卧如故”,身体已经虚弱得无法守城。加上欠饷太久,剩余的士兵们也已全无斗志。
因此,当李自成的军队于1644年农历三月兵临城下时,已经被瘟疫折磨得半死不活的北京城立刻土崩瓦解。随后,崇祯皇帝在无人来朝的孤独中,在紫禁城后的景山凄凉上吊自杀,明朝宣告灭亡。
但入驻北京城的大顺军也很快大面积感染瘟疫,因此在北上山海关与吴三桂的军队决战时,大顺军10万军队就有4万人不能随行。在山海关惨败后,李自成又率领大顺军残部退出北京,并将鼠疫带到了明朝其他地境继续广泛传播。