失事之后，上海轮船招商局派出90多名潜水员和十几艘船只，前往失事海域打捞尸体，仅捞起有名有姓的尸体1383具，其中男性629人，女性414人，男童208人，女童132人(残体不计)……
但是，江亚轮怎么会在航行时爆炸沉没的？
12月7日，招商局特邀中国渔轮公司副经理顾久宽，总工程师朱天秉，上海轮渡公司副经理周启新，轮机师总会理事长陆良炳，中国造船工程学会理事长、中华造船厂经理杨俊生，交通大学造船系主任、民生公司总工程师叶在馥，交通大学机械系教授柴志明，美籍专家格莱登极博士等14位专家，以及航政、监察等部门的代表，前往失事海域实地勘察。调查审定会上，专家们认为，该轮航线正确，不可能触礁，爆炸处距离锅炉房还有20来米，也非锅炉爆炸所致。最后的意见，大都趋同于江亚轮误触了二战时残留海中的水雷。
而坊间对此结论并不认同，人们相继提出了定时炸弹、夹运爆炸物、遭受鱼雷袭击等原因。其中，最为大家风传的是“定时炸弹说”。社会上流传“共产党放的定时炸弹”；与此针锋相对的，则是“上海青帮欲炸蒋经国”，——1948年8月20日，蒋介石公布“财政经济紧急处分令”，同时发布《金圆券发行办法》、《人民所有金银外币处理办法》、《中华民国人民存放国外外汇资产登记管理办法》，以及《整理财政及加强管制经济办法》。蒋经国奉父亲之命，到上海“打老虎”，大干50多天，惩治了不少青帮“大亨”。12月初，蒋经国离开上海，坐船去宁波老家祭祖。青帮得到情报，就在江亚轮上动了手，进行报复。竟没料到，蒋经国使用了金蝉脱壳之计，对外泄露的是搭乘江亚轮，实际上，却登上了江亚轮的姊妹船江静轮。蒋经国幸免于难，而数千同胞却成了替死鬼。