CHEA的组织机构由高等院校和认证机构两方面成员组成，它们共同协调全美的各类认证活动。具体而言，由CHEA对各类认证机构进行资质认可，各类认证机构对高等院校进行整体认证和专业认证，但认可标准、认证政策以及相关问题的研讨、信息发布等活动则由理事会共同决策和协调安排。同时，认证机构又要接受政府的认可，有的高等院校还要接受政府的学科评估，见图2-1。
图2-1 美国高等教育认证委员会的组织架构
CHEA是一个自愿结成的群众团体，职能主要有：一是提高学术质量。确认认证机构有推动提高学术质量的标准，并与院校宗旨的框架相适应。二是向社会公证。代表公众审核教育努力的结果，证明其是否与公众和高等教育界的愿望相一致。三是鼓励改革和完善。确认认证活动能鼓励院校和项目进行有目的的改革和完善，并推动持续的发展变化。其重要职能如宗旨中所言：“通过认证机构的正式认可，推动高等教育学术质量的提高，从而服务于学生及其家长、高等院校、资助单位、政府和雇主。协调认证机构的工作，并促进其加强自我管理。”此外，CHEA还调解会员之间的矛盾、出版认证信息、就大家共同关心的问题组织研讨会和召开年会等。