经过全面的分析后，他们从信件中得出一些线索：凶手是女性；凶手的犯罪动机是由于过于愤怒和痛苦，而将其宣泄到受害者身上；凶手在写威胁信时就已经将琼贝妮特杀害；凶手写威胁信时之所以用第一人称叙事，是想让读信者“仔细聆听”。
通过这些线索，他们一致认为拉姆齐夫妇就是杀害琼贝妮特的真凶，而且是琼贝妮特的父亲约翰协助妻子帕齐杀害了他们的女儿，并且帮助其掩盖事实真相。
经过媒体的报道，琼贝妮特的父母再次被推到了风口浪尖之上。即使他们通过一些节目辩称自己是清白的，但却没人相信。不仅如此，还有媒体在报道琼贝妮特的葬礼时写道：“琼贝妮特的母亲一边掩面痛哭，一边通过手指缝偷偷观察我……”
因此，他们不得不搬离所住的社区，因为还有人怀疑琼贝妮特的死与她的哥哥也有关。为了保护自己的家人，为了过平静的生活，拉姆齐夫妇只好搬离这个地方。
在这起谋杀案过了两年后，案件有了新的发现：法医从琼贝妮特的内裤上提取的DNA样品，在绘制成DNA图谱后发现，这个DNA属于一个未知的男性，它并不是琼贝妮特父亲约翰的。因此，他们将这份DNA数据报告提交给美国联邦调查局的DNA数据检索中心，因为该中心档案库中有诸多不法之徒的DNA数据。