1774年4月，农民战争进入第二阶段。普加乔夫在乌拉尔各厂矿和巴什基里亚境内招募了一支新军，于是1774年5月5日率部5000人占领了马格尼特要塞并与别洛博罗多夫和奥夫钦尼科夫的队伍会合。起义军溯雅伊克河而上，于5月19日攻下特罗伊茨克要塞。但在5月21日起义军被击败，普加乔夫被迫撤到乌拉尔草原。政府军在追击起义者时，多次将其击溃，但是，普加乔夫巧妙地运用游击战术，终于摆脱了追击者，使部队主力免于全歼。由于农民、工人、巴什基尔人的参加，起义队伍不断得到补充。到1774年6月中旬前，普加乔夫被逐出乌拉尔厂矿地区。他率所部前出到伏尔加河，以图实现以前预定的进军莫斯科的计划。1774年7月12日，起义者经强攻占领了喀山，但未能攻克守军残部防御的设防坚固的内城。米赫尔松率部及时赶来援救内城守军，经过阿尔斯克原野的浴血奋战后，于7月15日击溃起义军，起义军约2000人阵亡，5000人被俘。在这次战斗中，农民战争的杰出领导人之一别洛博罗多夫及其所部一起被俘。为了摆脱追击，普加乔夫带着一支小部队渡抵伏尔加河右岸。农民战争的第二阶段就这样结束。在此期间，许多事件主要发生在乌拉尔境内和乌拉尔山区。