会议决定全体共产党员以个人身份加入国民党，同时保持共产党在政治、思想和组织上的独立性。陈独秀仍旧当选为中央执行委员会委员长。
1924 年1 月中国国民党第一次全国代表大会召开，正式建立了以国共合作为基础的革命统一战线。
国共合作建立后，北洋政府发生变故。1924 年10月23 日，第二次直奉大战期间，冯玉祥突然倒戈发动北京政变，囚禁总统曹锟，暂时控制了北京政权。当日，冯玉祥即通电邀请孙中山进京共商国是，同时邀请皖系段祺瑞出山主持大政。
对此，陈独秀在10 月29 日发表的《北京政变与中国人民》中称：“此次北京政变，显然是英美帝国主义者抛弃了一个旧工具———吴佩孚，另换上一个新工具———冯玉祥，这个新工具比旧工具更柔顺服从一点。”
11 月4 日，孙中山接受冯玉祥邀请，主张北上召开国民会议，以解决目前时局。中共党内对此争议较大，特意召开会议讨论。陈独秀和彭述之、蔡和森起初反对孙中山北上，认为这是在与段祺瑞妥协，是军事投机行为。但经过一番讨论后，陈独秀等人开始由反对变为支持。12 月3 日，陈独秀在《国民会议及其预备会议》中写道：“我们为什么赞成国民会议？第一，因为这个会议无论将来成功或失败，眼前便给我们以民众的政治活动之机会；第二，将来成功固佳，即失败也能够给一部分人以革命需要的教训。”