而对南京影响更大的是水。
在很长的历史时期内，长江一直都是南京的北界，号称“天堑”。浩浩长江在城西北奔腾不息，作为南京的天然屏障，默默见证这座城市的起起落落。
在长江的数百条支流中，秦淮河并不起眼，但她却是南京的母亲河。
大约距今4000年前，湖熟人在秦淮河中游建村定居，开始了川流不息的历史叙事。从孙吴开始，整个六朝时期，300余年间，秦淮河一直是南京城南的重要军事屏障，也是通向南京城的交通要道。
相对于“大江”（长江），秦淮河古称“小江”，由此南京在地理上形成“两江夹一城”的格局。
南京城中的玄武湖和莫愁湖，一个位于城东北钟山下，一个位于城西南清凉山侧，恰如这座城的点睛之笔，见证了历史之灵韵与沧桑。
被山水滋养孕育的南京，因为独特的地理位置，历来颇受人们青睐。
从风水角度来看，南京无疑是完美都城。
东面：以钟山（今紫金山）为苍龙；
西面：以石头山（今清凉山）为白虎；
南面：以秦淮河为朱雀；
北面：以覆舟山（今九华山）为玄武，又以北湖（后改名玄武湖）为玄武。
四面以天然的山水合围，形成四神拱卫皇都的布局，这就是所谓的“象天设都”。