但是，到了20世纪60年代初，东北地区频繁出现纠纷。“从1962年6月起，”苏联外交部官员米哈伊尔·卡皮察（贾丕才）说：“中国对中苏边境地区进行了有组织的侵略。”中国声称在过去的两年中，苏联边境士兵入侵珍宝岛达16次。据北京方面报道，附近的七里泌岛和卡脖子岛也多次受到这样的入侵。中国还指责说，苏联的飞机频繁侵犯中国领空。在过去的3年中，莫斯科逐渐加强亚洲边界的军事力量，估计目前已达25个师。而驻在满洲里的中国军队就有50个师，另外，新疆还驻有7个师。据伦敦《星期日快报》报道，北京又增派了50万部队支援边境。另有消息说，苏联在边界附近修建了中程导弹发射场，目的是威胁满洲里和新疆罗布泊的核试验基地。
边界的紧张局势说明了双方存在敌视和恐惧的情绪，这也是目前中苏关系的特点。虽然没有互驻大使，但两国仍保持着冷淡的外交联系。1963年以来，政党间的联系实际上已经不存在了。双方在贸易上还保留着一些往来，但最近苏联的一项调查表明，1967年的双边贸易额为1亿600万美元，比1961年下降了6%。如果两个共产主义巨人间稳固的伙伴关系已经瓦解，那么前些时候的边界冲突是不可避免要爆发的。