第二道奏折在两天后发出，主要是写曾国荃病重的：心神摇动，头晕目眩，站都站不稳，必须静养数月，希望朝廷恩准让他回家养病。
慈禧和奕訢商量了半天，觉得曾国荃病得很好，他们对曾国荃这时候生病很满意，同意让曾国荃离职休养，顺带表彰了曾国藩很识大体。
曾国藩被夸得热血沸腾，又把财权让了出去。两江总督管辖的区域很广，曾国藩说，我只管理两江（江苏、浙江）的赋税就可以。其实，浙江是左宗棠的地盘，他所能管理的只有江苏赋税。
慈禧太高兴了，下旨说，曾国藩是有史以来最识大体的功勋大臣。
曾国藩乐呵呵地写奏折说，这算什么，我已决定修复旗营。
所谓旗营，就是清王朝八旗兵驻扎在各地的营盘，太平军造反以来，旗营制度灰飞烟灭。曾国藩现在江苏各地恢复，热烈欢迎中央政府派来的八旗兵。八旗兵趾高气扬，对他们的再生父母——湘军——不理不睬，湘军将士愤愤不平。曾国藩传令各湘军单位：谁要是和八旗兵闹矛盾，我就裁了谁。
当兵的，尤其是当了多年兵的最怕解甲归田，因为他们只能打仗，不会别的。所以，他们就在忍气吞声中和八旗兵们其乐融融。