在两国的间谍活动方面，90年代以来被披露的主要事件有：1994年1月，一名俄罗斯公司经理瓦迪姆·辛特索夫（Vadim Sintsov）因为替英国充当间谍被捕入狱，判刑10年。1994年4月，英国驱逐一名俄外交官，作为对俄方驱逐一名英国外交官的报复，该外交官被指控为英国在俄罗斯的间谍机构头目。1996年5月，俄罗斯指责9名英国外交人员组成一个间谍集团，将他们驱逐出境，英国则驱逐4名俄外交官作为回应。2000年7月，一名俄罗斯外交官普拉通·奥布霍夫（Platon Obukov）被本国司法机关指控为英国进行间谍活动，判刑11年。2004年4月，俄武器专家伊戈尔·苏特亚京（Igor Sutyagin）被判犯有叛国罪，获刑15年。两国间频频发生的间谍事件使双方更加难以互信，两国关系也经常处在碰撞之中。
第三，西方对俄罗斯抱有成见，使英、俄关系很难得到真正的改善。比如，英国认为俄罗斯仍然是苏联的延续，将普京描绘为“新沙皇”。英国对俄罗斯加强国防力量的努力疑虑重重，虽然它很少公开说俄罗斯构成了安全威胁，但抱有的戒心却很强烈。英国批评俄罗斯没有法治、不讲秩序，指责俄拒绝引渡卢戈沃伊是袒护犯罪，俄罗斯则坚称其宪法不允许将本国公民引渡到其他国家，俄不能服从英国法院的指令。俄罗斯还对英国司法体系的独立性提出质疑，不相信英国法院会不顾英国政府的意愿而独立审案。双方对对方的基本判断如此对立，就很难真正建立起良好的关系。